Сама Международная Организация по Стандартизации не выпускает сертификаты ISO 9000. Эту роль выполняют многочисленные аудиторские конторы (называемые регистраторами), уполномоченные на то аккредитационными органами, учреждёнными во многих странах. Регистраторы и проверяют организации на соответствие стандартам ISO 9000.

Надо отметить, что сертифицироваться именно на ISO 9000 невозможно: говоря о стандартах ISO 9000:2000 подразумевается сертификация системы менеджмента качества по ISO 9001:2000.

Аккредитационные органы берут деньги за свои услуги и, как правило, заключают договора со своими коллегами из других стран о взаимном признании сертификатов, выпущенных аккредитованными ими конторами.

Кроме аудита третьей стороной (внешнего аудита), для сертификации по ИСО 9000 требуется провести т.н. внутренний аудит, т.е. проверка специально подготовленными сотрудниками данной компании. Считается, что внутренние аудитор должны проверять иные подразделения компании, чем те, в которых они работают.

При сертификации ИСО 9000 оцениваются производственные объекты, функции, продукция, услуги и технологические процессы компании-кандидата. При этом составляется список недоработок ("заявок на исправление" или "неудовлетворений") для руководства компанией. Если в списке нету серьёзных пунктов, сертифицирующий орган выпускает по одному сертификату ISO 9000 (ИСО 9000) на каждый объект, который она посетила, как только получит план по исправлению недоработок.

Сертификат ИСО 9000 не присуждается раз и на всегда, а подлежит регулярному обновлению, обычно каждые 3 года.